A missão da Capitania é contribuir para a orientação, a coordenação e controle das atividades relativas à Marinha Mercante e organizações correlatas, no que tange a defesa nacional, à salvaguarda da vida humana, à segurança da navegação, no mar aberto e nas hidrovias e açudes interiores, e à prevenção da poluição hídrica por parte de embarcações, plataformas ou suas instalações de apoio. Além disso, gerenciar o serviço de saúde direcionado aos militares da ativa, da reserva e seus dependentes e as atividades relativas à Reserva Naval.

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